《莊子·田子方》有云：“微夫子之發吾覆也，吾不知天地之大全也。”所謂“發覆”，就是揭除蔽障。徐霞客熟悉傳統典籍，在其《游記》中往往信手拈來有關典故，準確發覆其書證，注家責無旁貸。

《粵西游日記一》崇禎十年（1637）五月初一日記：“余時倦甚，遂憩臥一覺，去羲皇真不遠。”一全本注云：“羲皇：指伏羲氏。古人想象伏羲以前的人，無憂無慮，生活閑適，因稱太古的人為羲皇上人。”另一全本注云：“羲皇，指伏羲氏，即太昊，古代傳說中人類的始祖。”如此為釋沒錯，但“羲皇”與“憩臥一覺”有何關聯，并沒有講清楚，仍令讀者一頭霧水。所謂“羲皇”，即“羲皇上人”，指伏羲氏，古人想象羲皇之世其民皆恬靜閑適，故隱逸之士多自稱羲皇上人。晉陶淵明《與子儼等疏》：“常言：五六月中，北窗下臥，遇涼風暫至，自謂是羲皇上人。”顯然，如果不以陶淵明此文為書證，就難以體會“羲皇”與“憩臥一覺”的這一內在的關聯性。

《粵西游日記一》崇禎十年（1637）五月十四日記：“又東北共三里，過矮山。其山在堯山之西，漓水之東，其北復聳一枝，如拇指之附，乃石山最北之首峰也。”什么是“拇指之附”？一全本譯文作：“如大拇指附著在手掌上。”另一全本譯文作：“就像依附的拇指。”兩者取義大同小異，皆令人莫名其妙。新近所出版某全本譯文甚至作：“如手掌上附著的大拇指。”這就更匪夷所思了，堪稱“以其昏昏使人昭昭”，真令讀者如墮五里霧中。其實，“拇指之附”即“枝（qí）指”，謂大拇指旁的歧生之指。語出《莊子·駢拇》：“駢拇枝指，出乎性哉。”唐成玄英疏：“枝指者，謂手大拇指傍枝生一指，成六指也。”唐陸德明釋文：“崔云：‘枝音歧，謂指有歧也。’”明代著名才子祝允明（1461—1527）即因右手天生六指，而自號“枝山”。

徐霞客在《游記》中非常注意考察山體是土山抑或是石山的區別，顯示出其地理考察的科學性與系統性。在廣西桂林，隨處可見石山聳立，山環水繞，與清澈的漓江相映生輝。堯山最為高廣，為桂林少見的大型土山，而在其北側與之相連的小山，則是一座石山。兩者一大一小姑且不論，形貌卻又迥然不同，徐霞客以“如拇指之附”巧妙比喻一座與堯山相連的小山，極為貼切。讀者若不明《莊子》的這一書證，就難以體味這一比喻的個中奧妙了。

《粵西游日記一》崇禎十年（1637）五月十五日記比喻桂林屏風山：“一山之麓，靡不嵌空，若垂云覆翼焉。”何謂“垂云覆翼”，某全本譯文作：“好像下垂的云層下覆的鳥翅一樣”，另一譯文作：“就像浮云垂掛、鳥翼覆蓋一般。”如此“硬譯”，實為費解。“垂云覆翼”乃巧用典籍中語，語出《莊子·逍遙游》：“鵬之背，不知其幾千里也；怒而飛，其翼若垂天之云。”以此比喻屏風山“高廣壁立”與“瑩潔如新琢玉屏”的舒展雄壯形態，堪稱神來之筆。