清嘉慶十五年，悟元道人劉一明完成了《西游原旨》，他認為作品是在弘揚儒、釋、道三家教義，“闡三教一家之理，傳性命雙修之道”。此見解曾影響甚廣，遭魯迅、胡適批判后一度銷聲匿跡，到本世紀初又有人重拾舊說，提出《西游記》創作是“歸旨于佛的情愫與心懷”，是“用宗教思想尤其是佛學思想改良社會改良人生的教科書”。其實魯迅早就說過，這部小說“實出于游戲”，作者“尤未學佛”。若細觀作品中具體描寫，還可發現作者對佛教領袖常有輕慢之語。

鎮壓大鬧天宮的孫悟空是如來在書中第一次出場，兩人先是激烈爭辯，悟空“皇帝輪流做，明年到我家”的名言就在此時說出。后來如來提出賭賽，只要悟空能跳出他的手掌便算贏。悟空一路筋斗翻出去，看到五根肉紅柱子，以為已到盡頭路，就變出筆墨在中間柱子上題寫：“齊天大圣，到此一游。”如來翻掌一撲，將悟空壓在五行山下。如來可謂是完勝，但作者一個細節卻敗壞了他勝利的興致：悟空“在第一根柱子根下撒了一泡猴尿”。如來光環繞身卻夾雜著猴尿臊氣，實是大煞風景，作者若是崇拜佛祖的虔誠信徒，會讓如來沾上猴尿臊氣嗎？如來回至雷音寶剎，告訴環繞身邊的弟子，天上諸神對悟空“俱莫能降伏”，就連太上老君“亦莫能傷損”，唯有他才能恢復天宮秩序。他還告訴眾人，玉帝“立安天大會謝我”，而且是“請我坐了首席”。如來有著大智慧、大法力，而作者寫上那些話語，卻使人窺見他的虛榮心。

第五十五回里，作者對佛祖再次不恭敬。悟空與八戒為救唐僧，先后被蝎子精扎得疼痛難禁。趕來的觀音對蝎子精也奈何不得，她告訴悟空，就連佛祖如來也吃過大虧：

他前者在雷音寺聽佛談經，如來見了，不合用手推他一把，他就轉過鉤子，把如來左手中拇指上扎了一下，如來也疼難禁，即著金剛拿他，他卻在這里。

事件經過作者說得含含糊糊，全憑讀者體會。書中妖精可謂多矣，而上雷音寺聆聽佛祖教誨的恐怕只有蝎子精。唐僧的前生金蟬子曾在聽講時睡著了，似乎如來的講課并不生動。但蝎子精仍然進了雷音寺，她積極要求上進，尋覓正果之途。氤氳裊繞之中出現了別開生面的場景，一位“美若西施還裊娜”的女子廁身那一大批羅漢、比丘僧與優婆塞中，故事也由此發生：“如來見了，不合用手推他一把”。“不合”意為不應當，儒家說“男女授受不親”，佛家說“色即是空”，你佛祖去推那女子干嘛？該描述還給讀者留下想象空間：如來是距離多遠“推”的？又“推”在哪里？蝎子精的反應表明她感到遭受了不可容忍的非禮，便立即“轉過鉤子，把如來左手中拇指上扎了一下”，猶如今日女子路遭突襲，立即向侵犯者噴發防狼噴劑一般。靈山待不住了，逃走的蝎子精不再是善男信女，她仍去做妖精，琵琶洞里那盤“人肉餡的葷饃饃”便是證明。

觀音的講述是在擴散不該傳播的消息，盡管介紹扼要含糊，負面印象卻已造成。刪去那五十余字對降服蝎子精的故事并沒有影響，作者卻偏是寫上，對佛祖的輕慢也隱約其間。這類手法在作品中還常遇見，如第十四回中那句“法身佛，沒模樣，一顆圓光涵萬象”，貌似贊頌如來，但調侃意味十足。對于佛門眾人似也不恭敬，描寫黃風怪與悟空交戰吹起怪風時，作者筆觸竟蕩到靈山出洋相：“五百羅漢鬧喧天，八大金剛齊嚷亂。”

取經故事結束時，作者對如來的描述又別有意味。唐僧師徒千辛萬苦總算到了西天，可是領取經卷時，阿儺、伽葉索取不到“人事”，就給了些無字經卷。唐僧師徒向如來投訴，如來卻為阿儺、伽葉辯解，還以給舍衛國趙長者家誦經“只討得他三斗三升米粒黃金回來”為例，說明“經不可輕傳，亦不可以空取”。到西天取到經本來是功德圓滿、皆大歡喜，作者卻偏要插入這段描寫。阿儺、伽葉索取“人事”是引子，如來辯解是關鍵。三斗三升米粒黃金可不是小數，如來卻認為“忒賣賤了”，經作者這番描述，佛法弘揚竟成了市井買賣。

作者對觀音菩薩也常不甚恭敬。熊精偷去袈裟是悟空保唐僧西行時首次遇妖，事情起因是觀音禪院院主起了貪心，他還想燒死唐僧。事情出在觀音的禪院，悟空認定“這樁事都是觀音菩薩沒理”，于是便奔向南海討說法。悟空降服金角大王與銀角大王后，太上老君告訴他，那是他的燒火童子，觀音“問我借了三次，送他在此托化妖魔，看你師徒可有真心往西去也”。悟空聞言火從心起，他拼著性命打殺才救出唐僧，原來這竟是觀音安排的測試，于是破口罵道：“這菩薩也老大憊懶！”因不解恨便又加上一句：“該他一世無夫！”唐僧師徒四人會齊后，觀音也立即安排了測試，她邀上普賢、文殊與黎山老母，化身“妖嬈傾國色，窈窕動人心”的美女，看唐僧師徒是否動心。作者竟讓觀音施展美人計，還親自下場誘惑，這與她的身份以及世人的敬仰太不相符了。多次測試讓悟空明白，保唐僧西行并非什么神圣事業，這只是“取經的勾當”。

不過，普陀山荷花池里的金魚在通天河作怪卻不是觀音的設計。金魚怪當日在普陀山“每日浮頭聽經”，煞是虔誠，可一入塵世，就每年要吃一對童男童女。觀音用魚籃收回了金魚，但對它吃人惡行卻未作任何懲戒。陳家莊百姓見觀音現身，“一莊老幼男女，都向河邊，也不顧泥水，都跪在里面，磕頭禮拜”，他們感恩觀音除害，卻不知那妖怪卻是觀音自家養的金魚。

《西游記》刊行后不久，鄧志謨的《咒棗記》出版，其中王惡吃童男童女故事全然抄襲《西游記》。書中收服王惡的薩真人也沒殺他，不過前提是發下毒誓：“我今日改邪歸正，若不終始一心，轟雷亂劈，永劫墮于陰山之獄。”有了這番悔過之語，多少算是有了個交代，可是《西游記》中，面對跪在泥水中的百姓，觀音沒有懲戒金魚的許諾，金魚也無任何悔過表示，作者只用“當時菩薩就歸南海”一句話帶過了。作品中這樣的情景不止一次地出現，文殊的坐騎青獅、普賢的坐騎白象以及與如來有親的大鵬將獅駝國臣民全吃完了，悟空進入獅駝洞，看到的是“骷髏若嶺，骸骨如林。人頭發躧成氈片，人皮肉爛作泥塵”，“將活人拿了剮肉”，“把人肉鮮煮鮮烹”。饒是如此，那妖怪與雷音寺仍保持著聯系，用太白金星的話來說，是“一封書到靈山，五百阿羅都來迎接”。吃人無數，罪不可恕，可是文殊、普賢只是罵了聲“孽畜”而已，青獅與白象“泯耳皈依”，于是便什么事都沒了。

道家中人行徑亦是如此。南極壽星的坐騎白鹿跑到比丘國做了國丈，慫恿國王“單用著一千一百一十一個小兒的心肝，煎湯服藥”，以圖“千年不老”。喪心病狂之舉越出了人們的想象，人們甚至還會懷疑：這“甚能延壽”的方法，莫非是南極壽星的秘方？斗不過悟空的白鹿眼見性命不保，南極壽星趕來救它，懲戒只是摸著它的頭罵聲“好孽畜啊！”并又告訴它：“若不是我來，孫大圣定打死你了。”又如奎木狼，下凡后也干起妖精勾當，書中曾寫他在寶象國宮中，“伸開簸箕大手，把一個彈琵琶的女子，抓將過來，扢咋的把頭咬了一口”。奎木狼被抓回天界后，玉帝只追究他“私走一方”的錯誤，懲罰也只是“貶他去兜率宮與太上老君燒火，帶俸差操”，原來的工資還照發，不久悟空與犀牛怪爭斗時，奎木狼已經官復原職了。

作者對道家領袖的描寫也毫不客氣，元始天尊、靈寶道君與太上老君是教中地位最高的“三清”，但在車遲國，悟空卻吩咐八戒將他們的坐像扔進茅坑，“做個受臭氣的天尊”。如果作者尊崇道教，斷不會設計出如此褻瀆其領袖的情節。

魯迅論及《西游記》藝術特色時曾云：“復善諧劇”是“作者稟性”，“雖述變幻恍忽之事，亦每雜解頤之言，使神魔皆有人情，精魅亦通世故”，其間作者“玩世不恭之意寓焉”。作者對宗教領袖時有戲謔之言是其“稟性”的表現，但對他們不以為然應是真實情感的流露。