蔡元培在翰林院供職時，閱讀了《郎潛紀聞二筆》《乘光舍筆記》等書后，被《紅樓夢》深深吸引了。在隨后10多年的時間里，他陸續考證相關故事10余則，隨后束之高閣。1914年，他重新修改《石頭記索引》交商務印書館，1917年9月出版單行本。蔡元培開篇就寫道：“《石頭記》者，清康熙朝政治小說也。作者持民族主義甚摯。書中本事，在吊明之亡，揭清之失。而尤于民族名士仕清者，寓痛惜之意。當時既慮觸文網，又欲別開生面，特于本事以上，加以數層障幕，使讀者有橫看成嶺側成峰之狀況。”

《紅樓夢》作為中國四大名著之一，自問世以來，受到眾多文人的喜愛。光緒年間，“紅學”盛行，幾乎能與“經學”相提并論。見仁見智，很是熱鬧。民國后，文人們亦熱情未減。蔡元培是學界名人，也親身加入研“紅”行列，引來不少熱捧，這個單行本一直發到10版，影響力之大，可見一斑。

胡適在紅學方面的研究也頗有成果，他出版《紅樓夢考證》，新紅學派由此誕生。該書系統考證了曹雪芹作者本身，得出《紅樓夢》是曹雪芹“將真事隱去”的自傳結論，并對過往紅學研究予以尖銳批評，說走錯了方向，只去收集不相干的資料，而不去關注作者、家世、時代、版本等問題。胡適稱舊紅學只作了《紅樓夢》的附會，而不是真正的考證。

蔡元培難以接受胡適的觀點，他在《石頭記索引》第6版中標明“對胡適之先生《紅樓夢考證》之商榷”，說明自己證疏的原因和方法，自信地表示，“自以為審慎之至，與隨意附會者不同”，表示胡適的觀點不能征服他。

對此，胡適并不贊同。隨后發表《跋紅樓夢考證》一文，其中含“答蔡孑民先生的商榷”，指出蔡元培所用方法過于守舊。兩位大學者的爭論轟動一時，被稱作“一場震撼全國的論戰”。蔡、胡之爭并無結果，兩人仍各執己見。直到20世紀30年代，相關著作還時有出現。