蔡元培在翰林院供職時(shí)，閱讀了《郎潛紀(jì)聞二筆》《乘光舍筆記》等書后，被《紅樓夢(mèng)》深深吸引了。在隨后10多年的時(shí)間里，他陸續(xù)考證相關(guān)故事10余則，隨后束之高閣。1914年，他重新修改《石頭記索引》交商務(wù)印書館，1917年9月出版單行本。蔡元培開篇就寫道：“《石頭記》者，清康熙朝政治小說也。作者持民族主義甚摯。書中本事，在吊明之亡，揭清之失。而尤于民族名士仕清者，寓痛惜之意。當(dāng)時(shí)既慮觸文網(wǎng)，又欲別開生面，特于本事以上，加以數(shù)層障幕，使讀者有橫看成嶺側(cè)成峰之狀況。”

《紅樓夢(mèng)》作為中國(guó)四大名著之一，自問世以來，受到眾多文人的喜愛。光緒年間，“紅學(xué)”盛行，幾乎能與“經(jīng)學(xué)”相提并論。見仁見智，很是熱鬧。民國(guó)后，文人們亦熱情未減。蔡元培是學(xué)界名人，也親身加入研“紅”行列，引來不少熱捧，這個(gè)單行本一直發(fā)到10版，影響力之大，可見一斑。

胡適在紅學(xué)方面的研究也頗有成果，他出版《紅樓夢(mèng)考證》，新紅學(xué)派由此誕生。該書系統(tǒng)考證了曹雪芹作者本身，得出《紅樓夢(mèng)》是曹雪芹“將真事隱去”的自傳結(jié)論，并對(duì)過往紅學(xué)研究予以尖銳批評(píng)，說走錯(cuò)了方向，只去收集不相干的資料，而不去關(guān)注作者、家世、時(shí)代、版本等問題。胡適稱舊紅學(xué)只作了《紅樓夢(mèng)》的附會(huì)，而不是真正的考證。

蔡元培難以接受胡適的觀點(diǎn)，他在《石頭記索引》第6版中標(biāo)明“對(duì)胡適之先生《紅樓夢(mèng)考證》之商榷”，說明自己證疏的原因和方法，自信地表示，“自以為審慎之至，與隨意附會(huì)者不同”，表示胡適的觀點(diǎn)不能征服他。

對(duì)此，胡適并不贊同。隨后發(fā)表《跋紅樓夢(mèng)考證》一文，其中含“答蔡孑民先生的商榷”，指出蔡元培所用方法過于守舊。兩位大學(xué)者的爭(zhēng)論轟動(dòng)一時(shí)，被稱作“一場(chǎng)震撼全國(guó)的論戰(zhàn)”。蔡、胡之爭(zhēng)并無結(jié)果，兩人仍各執(zhí)己見。直到20世紀(jì)30年代，相關(guān)著作還時(shí)有出現(xiàn)。