在“柯南”的系列故事中，工藤新一因受神秘組織襲擊導致身體縮小，從此化名江戶川柯南。而導致工藤新一身體變小的毒藥是神秘組織的科學家宮野志保所研發的。后來神秘組織背信棄義，殺害了宮野志保的姐姐。宮野志保不得不服用自己開發的藥物，像柯南一樣把身體變小，逃離組織，化名灰原哀，寄宿在工藤新一的鄰居阿笠博士家。灰原哀與柯南一起上小學，并與班里的少年偵探團逐漸成為好友。灰原哀也是知道柯南真實身份的人之一。

相同的處境，不一樣的心態。灰原哀與積極追查神秘組織、勇敢面對現實的柯南截然不同——惟一的親人去世、神秘組織那令人想象不到的龐大勢力使她極度絕望；一心從事科學研究，成果卻被拿去害人，科學的雙刃劍讓她十分自責；基于她特殊的科學家身份，即使真能逃脫，組織也一定會追殺她，而身份暴露則會讓身邊的人受到牽連……所有這些因素，導致灰原哀一直在逃避，盡管她有學校的好友，有與之同病相憐的柯南，也無法完全擺脫束縛，甚至幾度想要自殺。

名偵探柯南2001年的劇場版——《通往天國的倒計時》，便是一部以灰原哀為主角的影片。作者所刻畫的這一角色，集美麗、神秘、嚴肅、知性于一身，是一個非常有魅力的人。

在影片中，當灰原哀深夜失眠時，都會給姐姐以前住的地方打電話，因為固定電話中有姐姐的自動答復錄音，傾聽留言會有與親人溝通的感覺。雖然時間短暫，更不可能得到回復，但這種“通話”對灰原哀來說卻是一次傾訴的機會，同時也是一種慰藉。然而神秘組織卻不放過任何可能找到她的機會，就在一次這樣的“通話”中，組織得知她會去參加一個雙塔摩天樓的落成典禮，雖然通話很快被切斷并自動刪除，但還是泄露了時間地點等重要信息。

在雙塔摩天樓的落成典禮中，心懷鬼胎的并非只有神秘組織。在典禮的準備過程中，雙塔摩天樓所屬公司不斷發生命案，社長也在慶典中被殺；而這些案件與神秘組織清理內部間諜的時間恰好重疊，這一巧合把調查方向帶向了連環殺人事件——與雙塔摩天樓相關的嫌疑人只要有一個不在場證明就可以自證清白，從而改變調查的方向，這便是本案的精妙之處。

真相令人唏噓——一位以畫富士山而出名的畫家，晚年后在富士山對面的山坡買地建房，就是為了余生可以好好作畫，然而不久之后，在他的視野中就出現了摩天樓，擋在了畫室與富士山之間，每一幅畫都被切成兩半！這讓畫家心生惡意，設計加害雙塔摩天樓的社長——藝術家為了自己的事業，最終成為殺人兇手。

神秘組織增加的緊張感，成為該劇場版中第二條精彩的線索——為了除掉灰原哀，組織做了一系列周密計劃：先是找到狙擊手，按照她的相貌精準殺人；為了防止行動失敗，又在典禮會場安裝了大量炸彈，包括雙塔摩天樓之間的棧橋；甚至在會場主樓樓頂潑灑汽油。一旦開始爆炸，參會者必然逃生，組織只需監控有限的安全通道就能找到灰原哀；至于其他無法逃出者的性命，組織自然不管，其兇狠由此可見一斑。

在柯南劇場版系列中，動作場面一直是重要看點。在這部影片里，柯南、灰原哀和少年偵探團被困在裝滿定時炸彈的頂樓會場，所有的逃生路都被阻斷。絕境中柯南提出：利用在典禮會場原本作為禮物的汽車，跳躍到對面的樓頂上。對面是雙塔摩天樓的另一棟樓，層高要低一些，但是兩棟樓之間的距離對于汽車來說卻太遠了，若能順利逃生還需借用會場的定時炸彈，它在爆炸時的沖擊波可以幫助汽車順利到達對面屋頂。做一個周詳的逃生計劃，聯系其他人員配合計劃，準確讀秒保證開車的時間……所有這些情景，在炸彈的倒計時中顯得更加驚心動魄。灰原哀從柯南的推理中得知此次爆炸因她而起，便又起了自殺之心，打算在倒計時前為大家讀秒，結果少年偵探團在最后一刻帶上她一起逃離現場，飛躍的緊張里又添加了感動與溫情。

這部劇場版上映時，距離灰原哀在柯南動畫片電視劇版中首次登場也有兩年多了。在這段時間里，灰原哀多次由于怕連累大家而想要自殺，最終卻被周圍的人所感動，《通往天國的倒計時》是灰原哀打消自殺念頭的最后一步，在此之后她徹底打開心結，積極陽光地面對自己的命運，從一個心事重重、憂郁成熟的“小學生”，變成了明媚可愛、內心卻依舊是聰穎伶俐的科學家的小女生。所以影片中的倒計時既是片中千鈞一發的倒計時，也是她心態發生變化的倒計時，不論在劇情還是情感方面，這部劇場版都是當之無愧的高分影片。