蒂姆·波頓雖擁有和孩童一樣天馬行空的想象力，但假如把《佩小姐的奇幻城堡》單純看作一部兒童奇幻片，顯然辜負了他的一片苦心。身懷特技的小孩在戰亂年代不光要躲避炮火襲擊，也要提防來自現實世界普通人的排斥，還有邪惡力量的殺戮。那些腦洞大開的特異功能固然讓人驚嘆，但孩子們的命運顯然更值得同情——僅僅因為和別人不一樣，就得提心吊膽地與世隔絕。電影在這方面的思考達到了一個前所未有的高度。

奇幻城堡的背景設定在1943年的威爾士，顯然是有深意的。在故事里，那一年的9月3日，“二戰”期間，意大利投降，德國納粹空襲威爾士，炮彈剛好落在了佩小姐的城堡。城堡里的“怪”孩子們既不能和外面的世界接觸，又不想被炮彈炸死，便只能借助佩小姐控制時間的特異功能，讓城堡里的歲月永遠在這一天循環。每當炮彈爆炸前一秒，他們就得全體集合，重新把時間撥回24小時之前。這群小孩，隱喻的就是“二戰”中真實的受難者，追擊孩子們、以眼球為食的哈羅，顯然就是指納粹。

這一點，在同名小說原著中也有體現，男主角杰克的爺爺本為波蘭人，是他們家里唯一一個在“二戰”前逃離波蘭的幸存者，而他的家人則全部在戰爭中死去。當影片后半部分孩子們被迫離開城堡，開始四處逃難時，小島上迷霧重重、陰云密布的景象正是他們悲慘命運的寫照，片尾在海洋中航行時，也給人一種漂泊無依的感覺。

除了反戰主題，該片對怪異角色的關注，也符合蒂姆·波頓一向的創作思路。他作品里的主人公，往往都是氣質孤獨、不太討人喜歡的怪異角色，比如《剪刀手愛德華》里擁有兩把剪刀手的機器人，《科學怪狗》里科學天賦十足但略帶自閉傾向的小男孩維克多，還有《愛麗絲夢游仙境》里貌似殘暴、實則坦率勇敢的紅皇后。這種關注邊緣化人群的自覺，源自波頓本人不太快樂的經歷。幼年時，他的房間被父母莫名其妙地釘上了許多木板，只剩下兩條細縫讓他看外面的世界。

佩小姐的城堡里，住的恰恰都是一群“怪”孩子。他們不能跟外界打交道，因為普通人無法接受他們的這些特異功能。但事實上，這些孩子并沒有做錯什么，發動戰爭的是普通人，展開殺戮的，是那些心懷邪念的大人。佩小姐和杰克拼盡全力保護孩子，其實質是在保留最純真最自然的童年。出于商業考量，影片有一個光明溫暖的結局，但環顧一下四周就會發現，不論是從前，還是現在，對童真的傷害、對“與眾不同”的不接納依舊是這個世界的常態。從這個意義上講，波頓是悲天憫人的大師。